Wydział Lekarski i Nauk o Zdrowiu współpracuje z następującymi instytucjami niepublicznymi:
Organizacje i instytucje lokalne
- Klub Sportowy „Dunajec” w Nowym Sączu
- Stowarzyszenie „Beskidzkie Więzi”
- Fundacja Horyzont / Firma Wiśniowski
- Uniwersytet dla Dzieci UniJuni
Pozostałe instytucje
- Niepubliczny Zakład Opieki Zdrowotnej DIAGMED Sp. z o.o
- Niepubliczny Zakład Opieki Zdrowotnej RehStab w Limanowej
- Niepubliczny Zakład Opieki Zdrowotnej - Poradnia Lekarska Ogólna - Rojek, Marczuk, Jedynak, Marchewka, Cina Spółka Jawna w Limanowej
- Wielomed Witowska Wielogłowy Spółka Komandytowa
- Niepubliczny Zakład Opieki Zdrowotnej Antidotum w Nowym Sączu