Wydział Lekarski i Nauk o Zdrowiu współpracuje z następującymi instytucjami publicznymi:
Szpitale
- Szpital Specjalistyczny im. J. Śniadeckiego w Nowym Sączu
- Szpital Specjalistyczny im. Henryka Klimontowicza w Gorlicach
- Samodzielny Publiczny Zakład Opieki Zdrowotnej Szpital im. dr J. Dietla w Krynicy Zdroju
- Szpital Powiatowy im. Miłosierdzia Bożego w Limanowej
- 20 Wojskowy Szpital Uzdrowiskowo-Rehabilitacyjny Samodzielny Publiczny Zakład Opieki Zdrowotnej w Krynicy-Zdrój
- Szpital Położniczo-Ginekologiczny MEDIKOR w Nowym Sączu
- Podhalański Szpital Specjalistyczny im. Jana Pawła II w Nowym Targu
Pogotowia Ratunkowe
- Samodzielny Publiczny Zakład Opieki Zdrowotnej Sądeckie Pogotowie Ratunkowe w Nowym Sączu
Placówki Medyczne
- Intercard sp. z o.o. w Nowym Sączu
Hospicja
- Towarzystwo Przyjaciół Chorych Sądeckie Hospicjum w Nowym Sączu
Domy Pomocy Społecznej
- Dom Pomocy Społecznej w Nowym Sączu ul. Emilii Plater 20
- Dom Pomocy Społecznej w Nowym Sączu ul. Nawojowska 155
Pozostałe instytucje
- Wojewódzki Urząd Pracy w Krakowie
- Małopolskie Centrum Doskonalenia Nauczycieli
- Poradnia Psychologiczno-Pedagogiczna w Nowym Sączu